社伝によれば、地主神社の創建年代は、神代(かみよ)つまり日本の建国以前とされ、 あまりの古さにその歴史は明らかではありませんでした。 しかし近年、アメリカの原子物理学者・ボースト博士の研究により、 本殿前の「恋占いの石」が縄文時代の遺物であることが証明されました。 また地主神社の鎮座する辺りは、古来「名勝蓬莱山(宝来山)」と呼ばれ、 不老長寿の霊山として信仰を集めてきました。 京都盆地が湖であった古代から、この蓬莱山は陸地であり、信仰の場となっていたのです。